Действия игры разворачиваются в период после третей арки. Семья Савады Тсунаёши, не без труда, отвоевала право носить звание «Семьи Х Вонголы». Члены Варии возвращаются в Италию, и беспрекословно продолжают служить Вонголе.
Однако здоровье Девятого сильно подорвано, и вероятность того, что он выживет ничтожно мала. Узнав об этом Реборн начинает не только тренировать Тсуну, но и помогать ему стать настоящим главой семьи. Ведь осталось ещё много мафиозных кланов, которые уверены, что ничего хорошего из юного босса не выйдет, и намеренных отнять у семьи Вонгола звание лидера подполья.
Но на этом проблемы не заканчиваются. У Вонголы появляется серьёзный противник. Бьякуран, босс Гессо, строит коварные планы. И только он и его приспешники знают что у него на уме.
И подходит к концу второй класс средней школы. И грядут экзамены, фестиваль и многие другие важные школьные события.

P.S. Сюжет будет постоянно переделываться в соответствии с происходящими в игре событиями.